Hola Edgar:
Por supuesto que se usa GitHub como repo, pero justamente la idea en Cuis (que comparto plenamente) es q la coordinación GitHub --> repo local la hace el cliente GitHub q uses (o mismo vía comandos como comentó Juan q es su estilo de trabajo). Todo eso evita tener q interactuar con GitHub desde dentro de la imagen.
En resumen, desde el browser de paquetes instalados, vos trabajás sobre los repos locales, cuando guardás un paquete por ejemplo, lo guardás en el repo local y ahí terminó lo que hacés desde la imagen. Luego, con el cliente GitHub por ejemplo, hacés los pasos necesarios para actualizar el repo en GitHub (Commit primero y sincronizar los cambios luego).
Dependiendo del cliente (GitHub o SourceTree o GitX) pueden haber algunas pequeñas variaciones en cómo hacer estos pasos o la inversa, es decir, clonar un repo desde GitHub a tu compu local.
No se si fui claro o te la compliqué más...
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